意識低い系の系統解析・Modeltest-NGとRAxML-NGで系統解析 ubuntuで接触篇
説明するより読んでもらった方が早いようなこと。
201811にやったもの。
準備
必要になるパッケージをaptでインストール。Terminalで↓のコマンドを入力した。
sudo apt install git cmake flex bison libgmp3-dev
sudo apt install -y build-essential
sudo apt install autoconf libtool
しばらく待って終了。 これら全てが必要かどうかは未確認。 環境に合わせて調整する。
Modeltest-NGのインストール
公式にある通りのやり方なので説明というほどでもなし。 後でわかりやすい場所（ここではhome直下）で作業すると片付けやすくてよい。 とりあえずTerminalを起動して、↓のコマンドを順次実行していくだけ。
git clone --recursive https://github.com/ddarriba/modeltest
cd modeltest
mkdir build && cd build
cmake ..
make
うまくいくとmodeltest/binにmodeltest-ngが作られている。 これをパスの通ったところにコピーする。
cd ../bin
sudo cp modeltest-ng /usr/local/bin
ここまでうまく行ったら、Terminalで↓のコマンドを実行してみる。
modeltest-ng --help
Modeltest-NGのロゴと説明が表示されたら成功。 home直下に作られたmodeltestフォルダは消して構わない。
RAxML-NGのインストール
公式にある通りのやり方なので説明というほどでもなし。 後でわかりやすい場所（ここではhome直下）で作業すると片付けやすくてよい。 とりあえずTerminalを起動して、↓のコマンドを順次実行していくだけ。
git clone --recursive https://github.com/amkozlov/raxml-ng
cd raxml-ng/
mkdir build && cd build
cmake ..
make
うまくいくとraxml-ng/binにraxml-ngが作られている。 これをパスの通ったところにコピーする。
cd ../bin
sudo cp raxml-ng /usr/local/bin
ここまでうまく行ったら、Terminalで↓のコマンドを実行してみる。
raxml-ng
なんかズラズラとRAxML-NGについて表示されたら成功。 home直下に作られたraxml-ngフォルダは消して構わない。