意識低い系の系統解析・Modeltest-NGとRAxML-NGで系統解析 ubuntuで接触篇

説明するより読んでもらった方が早いようなこと。

201811にやったもの。

準備

必要になるパッケージをaptでインストール。Terminalで↓のコマンドを入力した。

sudo apt install git cmake flex bison libgmp3-dev

sudo apt install -y build-essential

sudo apt install autoconf libtool

しばらく待って終了。 これら全てが必要かどうかは未確認。 環境に合わせて調整する。

Modeltest-NGのインストール

公式にある通りのやり方なので説明というほどでもなし。 後でわかりやすい場所(ここではhome直下)で作業すると片付けやすくてよい。 とりあえずTerminalを起動して、↓のコマンドを順次実行していくだけ。

git clone --recursive https://github.com/ddarriba/modeltest

cd modeltest

mkdir build && cd build

cmake ..

make

うまくいくとmodeltest/binにmodeltest-ngが作られている。 これをパスの通ったところにコピーする。

cd ../bin

sudo cp modeltest-ng /usr/local/bin

ここまでうまく行ったら、Terminalで↓のコマンドを実行してみる。

modeltest-ng --help

Modeltest-NGのロゴと説明が表示されたら成功。 home直下に作られたmodeltestフォルダは消して構わない。

RAxML-NGのインストール

公式にある通りのやり方なので説明というほどでもなし。 後でわかりやすい場所(ここではhome直下)で作業すると片付けやすくてよい。 とりあえずTerminalを起動して、↓のコマンドを順次実行していくだけ。

git clone --recursive https://github.com/amkozlov/raxml-ng

cd raxml-ng/

mkdir build && cd build

cmake ..

make

うまくいくとraxml-ng/binにraxml-ngが作られている。 これをパスの通ったところにコピーする。

cd ../bin

sudo cp raxml-ng /usr/local/bin

ここまでうまく行ったら、Terminalで↓のコマンドを実行してみる。

raxml-ng

なんかズラズラとRAxML-NGについて表示されたら成功。 home直下に作られたraxml-ngフォルダは消して構わない。